但是，凡是药物都有副作用，抗生素也不例外。有些抗生素会引起严重的后果，如过敏性休克、神经性耳聋、肝肾功能损害等。
其次，抗生素的广泛应用增加抗生素耐药菌株的产生，使得真正需要用抗生素时许多抗生素已没有作用，为疾病的治疗造成了困难。在一些严重感染的小儿，如流行性脑脊髓膜炎、化脓性脑膜炎等疾病早期，因使用抗生素使临床症状及实验室检查的结果变得不典型，给正确的诊断、及时治疗带来困难，反而会延误诊治；同时，抗生素的使用剂量不足以治疗这些严重感染，也会造成耐药菌株的形成，造成抗生素的选择困难及治疗效果不理想。再说，抗生素的使用对病毒性感冒的病程不起作用，病毒性感冒都有一定的病程而自行恢复，抗生素不能缩短其病程，有许多人认为感冒尽管用抗生素无效，但可以防止小儿病情发展成为细菌性肺炎，有研究证明这是一种错误的设想和推断，抗生素是不能防止少数小儿病毒性感冒进展为细菌性肺炎的。
另外，抗生素的更新换代，越用越高级，使得小儿看病的药费越来越贵，增加了家庭和社会的负担。
因此，无论从哪个方面来讲，感冒时都不能滥用抗生素。
当然，也有少数特殊类型的感冒是需要用抗生素治疗的，如感冒引起急性中耳炎，出现耳道流脓，这是细菌感染引起的，应该用抗生素治疗；化脓性扁桃体炎是细菌感染引起，需要用抗生素治疗；急性喉炎中有部分是细菌感染引起的，如出现喉喘鸣，常是咽喉部严重感染，如形成咽后壁脓肿或颈淋巴结炎，需要立即去医院治疗。
只有合理使用抗生素，才能既使小儿免受痛苦和不必要的浪费，又起到药到病除的效果。
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